La Gruta de San Pedro tiene una profundidad aproximada de 510 m., y un desnivel de 49 m. Al inicio la cueva es estrecha y se limita a un solo túnel, pero a unos 15 a20 m se abre hacia una enorme galería en la que la laguna. Ésta se origina de agua de deshielo, por lo que el nivel del agua aumenta en época seca y disminuye en época de lluvias. Esta laguna es salina, de hecho es una mezcla de agua salada y dulce y tiene una profundidad cerca de 10 a15 m.
La Gruta de San Pedro es considerada un espacio sagrado y mágico, símbolo importante para las personas que habitan alrededor de la misma, personas que conservar la cultura y cosmovisión de orígenes milenarios. Es por ello que este hermoso lugar cuenta con varias leyendas que explican la existencia de pasadizos secretos, conexiones entre el Cuzco y esta región para transportar oro hacia el Cuzco y ser entregado al Inca. Los túneles responderían a tres posibles salidas: la primera al Lago Titicaca, la segunda a Los Yungas y Mapiri (La Paz) y la tercera al Cuzco (Perú). Este atractivo cuenta con iluminación, un sendero definido, cuenta con el servicio de guías y botes para alquilar y dar paseos en la laguna.